Powstanie miasta Tomsk rozpoczęło się w 1604 r. wraz z budową twierdzy w pobliżu rzeki Tom. Sam Borys Godunow pobłogosławił budowę nowego miasta i wysłał na jego cześć obraz Trójcy Świętej. Rozpoczęto budowę nowej cerkwi w centrum przyszłego miasta Tomsk. I od tego momentu prawosławne życie mieszczan zaczyna rosnąć i rozwijać się. W Tomsku powstają liczne świątynie, kaplice i kościoły.
Kościół Świętej Trójcy
Od ponad 150 lat konsekrowany budynek kościoła Trójcy Świętej stoi na wzgórzu Voskresenskaya. Został wzniesiony i oświetlony w 1844 roku.
W trudnych latach czterdziestych ubiegłego wieku tylne kościoły były przekazywane z rąk do rąk. Najpierw, w 1939 roku, ulokowano tam garaż, a nieco później piekarnię miejscowej piekarni. Po zakończeniu wojny, w 1945 r. świątynia została zwrócona wiernym, aw lutym 1946 r. kościół został ponownie konsekrowany. Prace konserwatorskie w cerkwi Trójcy Świętej w Tomsku przeprowadzono na koszt parafian. Kościół działa do dziś, działaSzkoła niedzielna i biblioteka.
Kościół Zmartwychwstania
Wśród kościołów Tomska jest to jeden z najstarszych. Jest praktycznie w tym samym wieku co miasto. Początkowo na terenie klasztoru w 1644 r. wybudowano drewniany kościół. W 1789 r. położono fundamenty pod nowy dwukondygnacyjny kościół. Po zakończeniu budowy nowego budynku stary drewniany kościół został spalony i rozrzucony na wiatr, zgodnie z prawosławnym zwyczajem. Podobnie jak wiele cerkwi w Tomsku, w drugiej połowie lat 30. ubiegłego wieku świątynia została zamknięta i dopiero w 1995 roku została ponownie konsekrowana, a prawosławni mogli ponownie uczestniczyć w nabożeństwach.
Kościół Znamieński
Kościół nosi imię ikony Matki Bożej „Znak”. Początkowo była to prosta drewniana świątynia zbudowana w XVII wieku. Budowa kamiennej świątyni rozpoczęła się w 1784 roku kosztem szlachty Kaczałowów, potomków Iwana Kaczałowa, uważanego za fundatora kościoła. W 1935 r. kościół został zniszczony i odbudowany dopiero w 1992 r. na koszt parafian.
Kościół Piotra i Pawła
Na jednym ze wzgórz schodzących do równiny zalewowej rzeki Ushaika, znanej miejscowym jako Mukhin Hillock, znajdował się kiedyś krzyż i kaplica. Później w tym miejscu zbudowano katedrę Piotra i Pawła. Kościół został konsekrowany w 1911 roku. W 1938 r. wstrzymano nabożeństwa, a na terenie kościoła zlokalizowano magazyn gorzelniczy. Ale już w 1945 r. kościół powrócił do normalnego trybu życia. Kościół Piotra i Pawła jest jednym z nielicznych kościołów w Tomsku, które nadal przyjmowały parafian w latach 50.-90.lata XX wieku.
Kościół domowy pod wezwaniem św. Mikołaja Cudotwórcy
Na początku lat 90. na bazie szpitala psychiatrycznego zbudowano i oświetlono jeden z kościołów w mieście Tomsk, nazwany imieniem św. Mikołaja Cudotwórcy. Początkowo był budowany według pewnej koncepcji, a mianowicie współdziałania duchowych sił Pana i uzdrawiających środków medycyny w pomocy chorym psychicznie. Jednak strona ideowa została utracona w 1920 roku, kiedy kościół został zamknięty. Pod koniec lat 90. pojawił się pomysł otwarcia kościoła przy szpitalu. Od 2003 roku rozpoczęto tu prace konserwatorskie. Obecnie na nabożeństwo z przyjemnością przychodzą wierni spośród chorych i personelu medycznego.
Kościół św. Siergieja z Radoneża
To najmłodszy z kościołów w Tomsku. Założycielem kościoła jest G. I. Trigorlov, dyrektor zakładu impregnacji podkładów. Widząc jedną z kaplic w Jarosławiu, był tak zachwycony jej kolorem, że przystąpił do budowy tego samego kościoła w swoim rodzinnym mieście. Według osobistego projektu GI Trigorłowa świątynia została zbudowana i poświęcona w 1997 roku.
Katedra Objawienia Pańskiego
Początkowo, w 1630 roku, był to mały kościół Objawienia Pańskiego. Dużo później uzyskał status katedry. Drewniany kościół często nawiedzany był przez pożary, ale za każdym razem był odnawiany. W 1777 r. postanowiono na miejscu starego drewnianego budynku wybudować nowoczesny budynek murowany. W latach 30. świątynia została zamknięta, a w jej murach zlokalizowano fabrykę obuwia. Budynek został przejęty w 1997 roku. Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej i rozpoczęto prace nad jej odbudową.